Creo que si fueras un poco más especifico podría ayudarte mejor pero te dejo los programas que yo uso o he usado.
STANZA
Es un lector de eBooks famoso por su versión para iPhone que es muy buena, pero que tiene versión para PC (y creo que para Mac) que es capaz de leer Word, PDF, LIT, HTML y bastantes formatos más. Creo que por ahora es de lo mejor (o el menos peor) aunque es bastante feo, no deja usar el scroll del mouse y la interfaz es simple. Pero del lado bueno soporta marcadores, personalización de fuente, muchos formatos de eBooks, podes leer a pantalla completa y lo "mejor" es que te permite invertir los colores a fondo negro con letras blancas para que no se te canse la vista.
Una opción que puede interesarte mucho es que soporta cargar un libro desde Internet, opción inútil por si sola pero que si la unis al proyecto Gutenberg (http://tr.im/r2pm) que ofrece libros gratis en Internet tenes automáticamente una biblioteca ENORME
En mi caso sólo lo uso solo para convertir libros para el iPod.
OTRAS OPCIONES
eBook hay en varios formatos, los PDFs los veo con Foxit Reader pero no permite bookmarks. Creo que Acrobat Reader si los permite pero a mi gusto es demasiado pesado :(
Anteriormente (hace años) leía en Microsoft Reader que era lo mejorcito para leer, incluía soporte para subrayar, dibujar y hacer anotaciones, además te dejaba ajustar la fuente y tenia pantalla completa. Lo malo es que usaba un formato propietario (.LIT) que ya no se usa, entonces hay pocos libros y es un poco complicado conseguir el programa para hacerlos e incluso para verlos.
. Otro programa que es famoso en el mundo de las PocketPC es MOBI Reader que sospecho debe tener una versión para PC (solo he usado el convertidor) así que deberías de revisarlo porque se ha caracterizado por tener buenas opciones. Por cierto, este programa use en mi teléfono (Sony Ericsson) para leer La barca sin pescador de Casona, que aunque confieso que es un poco incomodo leer en pantalla pequeña el programa me ayudo mucho porque tenia marcadores y atajos de teclado para navegar.
Si la memoria no me falla Word tiene un modo lectura y te permite marcar cosas aunque solo recuerdo haberlo visto no lo he probado
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